No son equiparables porque las autonomías no son entidades soberanas. Así que, efectivamente, en ambos casos sería ir contra algo que ya está, pero serían casos cualitativamente diferentes.
Además, en León la UPL es una minoría: en las últimas elecciones autonómicas la UPL logró el voto de tan solo el 13,6% del electorado en la provincia. Desde luego, no es posible hacer una estrapolación de ese porcentaje a los que gritaron eso a Laporta, pero apostaría a que no llegaban al 50% los simpatizantes de la UPL.
Pero aunque todos los que hubieran gritado eso fueran leonesistas: entiendo que lo que les estás achacando es falta de coherencia, y no habría tal porque el leonesismo no quiere separarse de España.